黑龙江省档案馆是省级国家综合档案馆，1999年晋升为国家一级档案馆。现馆舍是在原省图书馆基础上改造扩建的，为二类保护建筑。改扩建工程于2005年8月正式立项，2006年开始施工，2009年竣工并交付使用。工程总用地面积15888㎡，总建筑面积2万平方米，总投资1.387亿元。省档案馆现有馆藏档案418个全宗，85余万卷，资料5万册，排架长度11000延长米。其中清代和伪满时期等旧政权档案24万卷，革命历史档案和建国后的档案61万卷。目前正在接收2000年以前形成的档案。馆藏最早的档案形成于1684年（康熙23年），其中比较珍贵的档案，有清代和民国时期的黑龙江将军衙门、行省公署、黑龙江铁路交涉总局以及东省特别区行政长官公署、犹太宗教公会等机构形成的文件，尤其是黑龙江将军衙门档案，是清代地方军事机关在全国保存最为完整的一个全宗。馆藏五大连池火山喷发满文档案、清代呼兰府《婚姻办法》、黑龙江通省满汉文舆图图说、鄂伦春族满文户籍档案、日军慰安妇档案等已被收入《中国档案遗产名录》，其中慰安妇档案正在与中央档案馆、辽宁档案馆等六家档案馆同类档案一起申报世界记忆遗产名录。

黑龙江将军衙门设于康熙22年（1683年），至光绪33年（1907年）裁撤，前后历时244年，卷宗数量之多，内容之丰富，居当时全国14个将军衙门档案之首。伪满时期的军管区、警务厅、宪兵团（队）、特务机关等机构形成的文件，记录了日本帝国主义在我国东北地区实行法西斯统治和经济掠夺的罪行，特别是1997年底在这部分档案中首次发现了侵华日军“731”部队用活人作细菌试验的“特殊输送”档案。革命历史档案中，有记录抗日战争时期中共满洲省委（北满、吉东省委）领导各族人民同日本侵略者浴血奋战的重大史实，解放战争时期党在我省进行革命根据地建设、剿匪、土改、支援东北和全国解放战争重要事件等比较系统完整的档案材料。同时还有陈云、张闻天等党和国家领导人在这一时期的革命实践活动史料。新中国成立后的档案中，主要有反映国民经济恢复、社会主义改造、国家22项重点工程、大庆油田开发、大小兴安岭林区开发情况的档案材料。毛泽东、周恩来、刘少奇、朱德、邓小平、陈云等党和国家领导人来我省视察时的指示、亲笔题词和照片更是馆藏的珍品。此外，还有许多重要资料，如旧政权时期满铁资料等。